Ausnahmen sind schon in den Absätzen 2 und 3 von Artikel 107 AEUV geregelt. Hier werden z.B. Beihilfen für die Beseitigung von Schäden durch Naturkatastrophen genannt.
Darüber hinaus gibt es Ausnahmen für Beihilfen, die aufgrund ihres geringen Volumens unter eine Bagatellgrenze (De-minimis-Schwellenwert) fallen. Dabei wird davon ausgegangen, dass infolge der geringen Höhe der Zuwendung keine Beeinträchtigung des zwischenstaatlichen Handels erfolgt. Der Gesamtbetrag der einem Unternehmen gewährten De-minimis-Beihilfen darf in einem Zeitraum von drei Steuerjahren 200.000 Euro nicht übersteigen. Die Stelle, die die Beihilfe gewährt, muss dem Unternehmen hierüber eine De-minimis-Bescheinigung ausstellen. Das Unternehmen wiederum ist verpflichtet, bei Antragstellung eine De-minimis-Erklärung abzugeben, das ist eine Übersicht über die im laufenden und den zwei vorangegangenen Steuerjahren erhaltenen De-minimis-Beihilfen
Weitere Ausnahmen sind in der "Allgemeinen Gruppenfreistellungsverordnung - AGVO" geregelt. Für die in der AGVO genannten Gruppen von Beihilfen wird - unter Einhaltung der in der AGVO jeweils festgelegten Voraussetzungen - die Vereinbarkeit mit dem Binnenmarkt festgestellt. Es handelt sich dabei beispielsweise um Beihilfen für kleine und mittlere Unternehmen (KMU) oder für Forschung und Entwicklung und Innovation.
Spezielle Vorschriften auf Grundlage von Artikel 106 Abs. 2 AEUV gelten für den Bereich der Daseinsvorsorge. Für den beihilferechtlichen Sonderfall der sogenannten "Dienstleistungen von allgemeinem wirtschaftlichen Interesse - DAWI" ist von der Kommission ein umfangreiches Regelungspaket verabschiedet worden. Darunter versteht die EU-Kommission Dienstleistungen, die zur Erfüllung gemeinwirtschaftlicher Interessen zum Wohl der Bürger oder im Interesse der Allgemeinheit erbracht werden. Ein Unternehmen, wenn es im eigenen gewerblichen Interesse handelt, würde diese Dienstleistungen nicht oder nicht im gleichen Umfang oder nicht zu den gleichen Bedingungen übernehmen. Erhält das Unternehmen von der öffentlichen Hand für die Übernahme dieser Dienstleistungen einen Ausgleich, so werden, wenn bestimmte Voraussetzungen eingehalten sind und je nach Ausgestaltung der Übernahmevereinbarung ("Betrauung"), die Ausgleichsleistungen entweder nicht als Beihilfe betrachtet oder sie brauchen nicht notifiziert zu werden oder sie sind genehmigungsfähig durch die EU-Kommission.
Abweichungen von den allgemeinen Wettbewerbsregeln nach Art. 101 - 109 des AEUV und besondere Ausnahmen vom generellen Beihilfeverbot nach Artikel 107 Abs. 1 AEUV sehen die Vorschriften über die Agrarpolitik (Art. 42 Abs. 2 AEUV) und die Verkehrspolitik (Art. 93, 96 AEUV) vor.